Последние Герои Меча и Магии 6 существенно изменили игровой процесс. Например, было уменьшено количество добываемых ресурсов и городов, а глобальная карта - разделена на несколько областей. Это все поспособствовало упрощению прохождения, потому что теперь нужно контролировать только отдельную территорию с помощью форта или города. А для того чтобы захватить определенную область, нужно просто взять под контроль одну из контролирующих построек: форт, город, шахту.
Последние Герои Меча и Магии 6 внесли изменения и в систему прокачки умений. У каждого игрока появилась возможность самостоятельного выбора прокачки способностей, из которой были убраны случайные скиллы. Система прокачки стала гибкой, теперь пользователь самостоятельно выбирает, какие умения будет изучать его герой на следующем уровне. Стоит отметить, что из игры была убрана Гильдия Магов - здание, в которой герои изучали магические заклинания. После этого персонажи изучают магию точно также, как и все другие умения - с переходом на новый уровень.
Также последние Герои Меча и Магии 6 ввели в игру понятие "династий". Можно создавать династических героев, которые будут накапливать баллы в течении прохождения, чтобы после потратить их на уникальные артефакты, повышающие их характеристики. Стоит отметить, что все династии в игре уникальные и существует множество вариантов развития героя.
