Повысить навыки в Fallout 3 можно, выполняя всяческие задания, уничтожая как можно большее количество мутантов, гулей и других неприятных созданий в Пустоши. Можно и нужно также собирать перки, что позволит постепенно повышать и навыки.
В целом же каждый раз при повышении уровня вы можете вложить очки в навыки, для чего клацните по стрелке с правой стороны от любого из них, затем повышайте его, пока будет хватать очков.
Ну и для особо ленивых есть чит-код advlevel, вводящийся через консоль. Так сможете повышать уровень быстро и безболезненно, правда, не очень честно.
