Сюжет The Evil Within 2 описывает события, которые случились спустя три года после всего, что творилось в больнице Маяк. Главный герой Себастьян Кастелланос сильно терзает себя за то, что не смог спасти дочь в жутком пожаре, а еще сильно переживает в связи с исчезновением супруги. В течение всех этих трех лет протагонист искал ответы на свои вопросы, однако получить их ему мешала теневая корпорация Мебиус.
Однажды, пока Себастьян заливал свое горе спиртным, Джулия Кидман и агенты Мебиус встречают его в баре. Именно Джулия выступила в роли посредника между главным героем и той самой корпорацией, обещая помощь в поисках таких нужных ответов на важные вопросы. Выяснилось, что на самом деле дочь Лили не погибла, ее использовали для создания ядра нового мира для системы STEM, она теперь там заперта. Разумеется, Себастьян теперь все свои силы бросает на то, чтобы найти и спасти ее.
