События игры StarCraft 2 происходят через четыре года после победы зергов над объединенным флотом. На планете Мар Сара Джим Рейнор начинает восстание против императора Менгска. Вскоре, к нему присоединяется его собрат по оружию - Тайкус Финли, который работает на таинственный фонд Мёбиуса. Эта организация занимается сбором древних артефактов, которые также ищет и Доминион. Рейнор, конечно же, соглашается помочь Тайкусу, но после первого захваченного артефакта, Мар Сару вновь атакуют зерги: Керриган объявляет войну Доминиону.
Джиму удается захватить старого робота-адъютанта, в памяти которого хранится приказ Менгска установить пси-излучатели, призывающие зергов на планеты Конфидерации. Запись этого приказа, выпущенная в эфир, вызывает ожесточенные бунты на планетах Доминиона.
Но борьба Джима на время прерывается Зератулом - протоссом, который пришел предупредить Рейнора о надвигающейся гибели Вселенной. Без Керриган, им не удастся остановить вернувшегося Амуна и предотвратить гибель всего живого. Данные миссии можно проходить не сразу, а по ходу развития сюжета StarCraft 2.
После того, как Рейнор добыл последний артефакт, он узнает, что все это время работал на сына императора - Валериана Менгска, хозяина "Фонда Мёбиуса". Валериан предлагает Рейнору объединить силы в борьбе со своим отцом. Кроме того, выясняется, что найденные артефакты - это части устройства, способного вернуть Керриган человеческий облик. Рейнор решается отправиться на Чар, чтобы попробовать возвратить прежнюю Сару.
В финале Страркрафт 2: Крылья свободы, после ужасающей и ожесточенной борьбы, Джиму удается задействовать артефакт. Все зерги погибают, а Сара вновь становится человеком. В этот момент ее пытается убить Тайкус, который с самого начала работал на Императора, но Джим вновь спасает Сару, заслонив ее плечом своего скафандра, после чего убивает Тайкуса. На этом моменте заканчивается сюжет StarCraft 2: Wings of Liberty.
События Heart of the Swarm начинаются через 3 недели. Сара Керриган в человеческом облике находится в исследовательском центре Умоджанского протектората. Несмотря на превращение в человека, Сара сохранила возможность управлять небольшими группами зергами. Джим считает, что достаточно тестов, и спешить забрать ее с собой, когда лаборатория подвергается атаке сил Доминиона. Керриган удается эвакуироваться на крейсер Гиперион, но Рейнора арестовывают войска Доминиона
Сара уверена, что Джим выберется и, используя зергов, оставшихся на планете, уничтожает орбитальную пушку, которая могла бы уничтожить челнок Джима во время эвакуации. Но, находясь на месте встрече, она видит телепередачу, в которой сообщают, что Рейнор был казнен. Теперь единственное, чего желает Керриган - отомстить Менгску.
С этой целью она берет под свое управление Левиафан зергов. После этого Керриган путешествует по различным мирам с целью объединить Рой и подчинить себе разрозненные кланы зергов. В поисках силы, по совету Зератула, она отправляется на планету Зерус - родину зергов. Здесь Керриган вновь проходит процедуру перерождения в зерга и вновь становится Королевой Клинков, гораздо сильнее, чем была раньше.
Вскоре, Королева Клинков получает сообщение от Менгска, в котором сообщается, что Рейнор жив, но если Керриган не прекратит наступление на Доминион, он умрет. С помощью Мэта Хорнера и принца Валериана, Саре удается установить местоположение корабля - тюрьмы. Уничтожив охрану, она освобождает Рейнора. Увидев, что Керриган вновь стала зергом, Рейнор уходит, оставляя Сару наедине с ее жаждой мести.
Заручившись поддержкой зараженного Алексея Стукова, Керриган уничтожает секретную лабораторию по производству гибридов зергов и протоссов, и убивает доктора Наруда, являющегося служителем возрождающегося Амуна.
После этого Рой вновь становится единым и Королева Клинков начинает финальную атаку на Корхал - столицу Доминиона. Добравшись до покоев императора, Керриган едва не погибает от инопланетного артефакта, которым владеет Менгск, но Джим отбирает оружие у Менгска, а Керриган жестоко убивает тирана...В концовке StarCraft 2: Heart of the Swarm Рейнор подтверждает, что по-прежнему любит Керриган и она, окрыленная в прямом и переносном смысле, взмывает в небеса.
Какой будет финальная часть сюжета StarCraft 2, мы с вами узнаем из третьей части игры - Legacy of the Void.
