В финале игры Грейс оказывается перед терминалом объекта АРК и выбирает уничтожить Элпис, введя неверный пароль. Это запускает самоуничтожение всего объекта. Леон берётся сдержать Зено, пока Грейс уходит, однако силы явно неравны. Зено быстро берёт над ним верх и расстреливает его в упор. Платформа, на которой они стоят, рушится вместе с ними обоими. Грейс наблюдает за гибелью Леона издалека и в ужасе кричит. После этого она находит выход и выбирается с объекта, но эта победа ничем не подслащена - Леон мёртв, Элпис уничтожен, а значит, нет никакого лекарства ни для Леона, ни для Шерри Биркин, которая тоже заражена.
Финальная сцена обрывается практически сразу после этого. Никакого боя с финальным боссом нет, история не получает нормального завершения. Грейс лишь произносит несколько слов о том, что хотела бы спасти Леона, и на этом всё заканчивается.
Эта концовка намеренно сделана скомканной и неудовлетворительной, чтобы игрок понял: это не тот путь. Capcom даже подчёркивает это механически - после титров игра сама предлагает вернуться к моменту выбора и переиграть финал, тогда как при хорошей концовке такой подсказки не появляется.
