На протяжении всей игры Леон борется с заражением вирусом Синдрома Раккун-Сити, который постепенно подбирается к финальной стадии. Именно вокруг этого строится центральный вопрос концовки: успеют ли Грейс и Леон найти выход, или болезнь возьмёт своё раньше, чем появится шанс на спасение.
В финале Грейс оказывается перед терминалом объекта АРК, где хранится Элпис - вещество, которое злодеи Виктор Гидеон и Зено искали на протяжении всей игры. Именно здесь игроку предстоит сделать выбор: уничтожить Элпис или выпустить его.
Если вы выберете уничтожение Элписа, весь объект АРК начнёт рушиться. Грейс успевает выбраться, но Леон остаётся сдерживать Зено. Тот оказывается значительно сильнее и в итоге расстреливает Леона в упор. После этого титры начинаются практически сразу, без финального босса и нормального разрешения истории. Это плохая концовка, и она не является каноничной.
Если вы выберете выпустить Элпис, события пойдут по совершенно другому пути. Зено, не зная об истинной природе вещества, сам вводит его себе - и это лишает его всех сверхчеловеческих способностей, так как они были следствием вируса. Пока Зено оказывается обезврежен, на сцене появляется Виктор Гидеон, который сносит ему голову и нападает на Грейс. Начинается финальный босс-файт. После победы Грейс вводит Элпис Леону, и тот избавляется от заражения. По словам разработчиков, вирус при этом даже обращает вспять некоторые последствия для организма, буквально омолаживая Леона. В эпилоге он выходит на связь с Шерри Биркин и сообщает, что у него есть вещество, способное вылечить и её. Эта концовка является каноничной и, судя по всему, именно с неё будет отсчитываться продолжение серии.
Важный момент: если вы случайно выбрали уничтожение Элписа и получили плохую концовку, не нужно начинать игру заново. После титров игра сама предложит вернуться к точке принятия решения и переиграть финал - это сделано специально, чтобы все игроки могли увидеть обе концовки без лишних усилий.
