Предотвратить мутацию Эмили по сюжету нельзя, однако в финале игры её всё же можно сохранить живой.
В главе «Побег из медицинского центра Роудс-Хилл» Эмили получает смертельное ранение во время сцены с вертолётом. Независимо от действий игрока за Грейс, она всё равно заражается вирусом, введённым доктором Виктором Гидеоном, и это приводит к неизбежной мутации. Этот момент является каноническим и необходимым для дальнейшего продвижения сюжета вплоть до финала в Управлении водных ресурсов.
В финальном противостоянии Леон сталкивается уже с мутировавшей Эмили, которая становится симбиотическим существом. Здесь игроку предоставляется ключевой выбор, определяющий исход её истории. При «более гуманном» варианте прохождения во время QTE и диалогов Леон старается стрелять только по уязвимым, но не жизненно важным зонам мутации (нельзя задевать открытое сердце).
После боя он утверждает, что сознательно не повредил критические органы, а в эпилоге намекается, что тело Эмили удерживается в стазисе и существует шанс на восстановление, поскольку часть её сознания сохранилась. Если же игрок действует агрессивно или проваливает QTE-секцию, Эмили погибает окончательно, что приводит к более мрачной развязке для Грейс Эшкрофт.
Дополнительно есть несколько деталей, влияющих на восприятие сцены. Например, заранее собранные соединительные штекеры в подвале медицинского центра позволяют быстрее добраться до Эмили и избежать лишних столкновений. А сбор всех её рисунков в главе «Орфеум» открывает дополнительные реплики Леона, подчёркивающие его нежелание причинять ей вред.
В целом разработчики оставляют судьбу Эмили намеренно открытой, что может намекать на продолжение истории или будущие дополнения, поскольку её связь с Грейс играет ключевую роль в сюжете.
