Начало Prey, как это часто бывает в играх и фильмах, вполне себе мирное и нейтральное, ничто не предвещало беды. Нам отводится роль продвинутого научного сотрудника, живущего и трудящегося на гигантской космической станции Талос-1, находящейся на орбите Луны.
В начале игры нам показан просто очередной обыденный рабочий день, где мы просыпаемся и едем на работу на уже ожидающем нас поблизости вертолете. Однако неудачно пошедший эксперимент внезапно перевернул все с ног на голову, а космическую станцию захватили многочисленные инопланетные формы жизни - Тифоны, которые тут же изучались. Вот с ними-то нам и предстоит здесь бороться.