Управление Mortal Kombat 9 любым персонажем осуществляется с помощью следующих основных клавиш:
| Девайс | Удар правой рукой | Удар левой рукой | Удар правой ногой | Удар левой ногой | Поставить блок | Бросок | Командные действия | Смена Стойки |
| PS3 | треугольник | квадрат | круг | X | R2 | R1 | L1 | L2 |
| Xbox 360 | Y | X | B | A | RT | RB | LB | LT |
Не нужно забывать и о том, что для выполнения некоторых ударов и специальных приемов, необходимо находиться на определенном расстоянии от противника либо не использовать блокирование его ударов в последнем раунде (бабалити).
Также управление Mortal Kombat осуществляется и с помощью интуитивных кнопок (вверх, вниз, направо, налево). Игроки могут выполнять уровневые фаталити, доступ к которым открывается на особых аренах: Мертвый бассейн, Живой Лес, Яма, Ад, Подземка и Улица.
