Сюжет игры Mortal Kombat: Shaolin Monks начинается с того, что в первом турнире один из монахов, Лю Кенг, одерживает победу над Шанг Цунгом. Однако он не успевает убить его и могущественному магу удается сбежать во Внешний Мир и не погибнуть. Двое монахов следуют за ним и попав во дворец, проваливаются в подвал, в котором сталкиваются с множеством демонов. Они расправляются с ними и используют портал, чтобы попасть в Академию Ву Ши. Там их уже ждет Старший Бог Рейден, чтобы вознаградит их за высокие достижения в турнире. В этот момент на дворец нападает Барака со своими бойцами и забирают с собой их союзницу - Соню Блейд. После сражения Рейден дает задание Кунг Лао и Лю Кенгу перенестись во Внешний Мир за Соней и освободить ее.
Затем сюжетная линия Mortal Kombat: Shaolin Monks гласит о том, что монахи, по наставлению Рейдена, направились в Монастырь Зла. Оказавшись на месте, они повстречались с Китаной, которая постоянно пыталась спровоцировать их. Благодаря тому, что Рейден заблаговременно предупредил их о том, что она на их стороне и хочет расправиться с Шао Каном, они терпят ее уловки и не реагируют на провокации. Но длится это недолго, терпение лопает, и в конечном итоге Китана проигрывает схватку. Однако она успевает сбежать через портал и выясняется, что на нее было наложено могущественное заклинание. Старший Бог появляется перед монахами и дает указание - спасти ее. Кунг и Лю тоже проходят через портал за Китаной, отбиваются от атак и спасают союзницу. Затем вместе с ней перемещаются в Монастырь Зла, где девушка признается в том, что Шао Кан готовит вторжение на Землю.
Затем оба монаха Mortal Kombat: Shaolin Monks двигаются на территорию Живого Леса, чтобы найти там Рептилию. Они успешно убивают его и другого змея, а после отправляются в Гробницу Душ, потому что именно там находится основной источник силы могущественно колдуна Шанг Цунга. Оказавшись на месте, Лю Кенг и Кунг Лао борются с магом, но тот побеждает и отдает распоряжение своим слугам расправиться с ними. Однако монахи совместными усилиями отбиваются от теневых жрецов, а после уничтожают Гробницу Душ, делая брешь в карме Шанг Цунга.
Дальнейший путь монахов проходит через Пустоши Внешнего Мира, где они сражаются с Саб-Зиро, Милиной, кланом Черного Дракона, Горо и многими другими персонажами. После того как Лю Кенг и Кунг Лао в Mortal Kombat: Shaolin Monks попадают в саму Преисподнюю, где на них нападает Скорпион. Монахи побеждают его и через портал перемещаются во дворец Шао Кана.
Там их будет поджидать Джакс, который расскажет о том, что Рейден сопровождал его постоянно и рассказывал о том, что хочет спасти Соню Блейд. Монахи начинают задумываться о том, разговаривали они с настоящим Рейденом или это были уловки Шанг Цунга. Заподозрив неладное, они нападают на колдуна и в этот момент, император Внешнего Мира бросает свой файрбол в мага и вызывает его на финальный поединок.
Затем в Mortal Kombat: Shaolin Monks Шанг Цунг, принявший облик Рейдена, атакует Кунг Лао и Лю Кенга, но они сумели дать отпор и убили мага. После поединка Шао Кан делает заявление, в котором говорит о том, что тут все подчиняются его воле, даже те, кто хочет его предать. Монахи не соглашаются с ним и император натравливает на них четырехрукого монстра. После того как они убьют зверя, нападают на самого Шао Кана и убивают его. Через мгновение появляется Рейден и превращает бывшего императора Внешнего Мира в статую, которую после Кунг Лао и Лю Кенг разбивают вдребезги. Затем Старший Бог объявит монахов чемпионами Смертельной Битвы, и все будут праздновать победу. В самом конце в ликующей толпе можно увидеть Куан Чи, который среди обломков скульптуры находит амулет Шиннока и присваивает его.
