Half-Life 2 заканчивается в Цитадели - той самой огромной высоченной постройке, возвышающейся над всем Сити 17 и заметной из любого конца города. Это - штаб Альянса на Земле, но даже не это привело туда Фримена: подлый Брин со своей армией захватил друзей Гордона, Аликс и ее отца Илая Вэнс.
Стремясь спасти соратников, Фримен проникает в Цитадель, а Брин, едва поняв, что дело пахнет жаренным, собрался телепортироваться отсюда подальше, пока не поздно. Впрочем, если игрок будет действовать решительно и быстро, то своевременно сбежать у противника не будет шансов.
Гордон разрушает телепорт и Брин падает вместе с уничтоженной конструкцией с огромной высоты. Происходит мощный взрыв, но Фримена снова спасает G-Man: время как будто останавливается, а Джи-Мен обещает снова позвать Гордона, как только его помощь понадобится.
