Львиную долю сюжетной кампании игрок проводит, пытаясь понять, где в Fallout 4 находится Шон - сын главного героя, похищенный в самом начале игры.
При этом протагонист не понимает, что пытается искать сына спустя добрых шестьдесят лет, однако это не помешает ему в итоге добраться до истины. Шон находится на базе Института, более того - он является лидером этой фракции, а все подопечные его называют не иначе как "Отец".
