Сюжет Subnautica описывает события, происходящие в относительно недалеком будущем. Действие игры разворачивается в двадцать втором веке: человечество освоило технологии, позволяющие путешествовать в космосе, а большая корпорация "Альтера" отправила космическое судно, чтобы установить фазовые врата и попутно найти исчезнувший корабль "Дегази", который пропал на океанической планете 4546B.
Все пошло не так положительно, как планировалось, поскольку еще при вхождении в атмосферу планеты судно сбил мощный энергетический импульс, исходящий с этой планеты. Главный герой чудом успел заскочить в спасательную капсулу и эвакуироваться, однако его оглушает фрагмент корабля, отломившийся от последнего. Когда протагонист приходит в себя, ему приходится начинать настоящую борьбу за выживание в совершенно чужом и незнакомом виде, залитом бескрайним океаном: искать материалы для ремонта капсулы, починить радио для налаживания связи, не попадаться в зубы здешним хищникам и так далее.
