Сюжет Subnautica: Below Zero повествует о событиях, разворачивающихся спустя два года после окончания действия оригинальной игры. По итогам последней Райли удалось благополучно выжить и покинуть планету 4546B, а через пару лет на нее же прибывает научная экспедиция, среди участников которой и главная героиня Below Zero - Робин. У девушки есть своя мотивация: она жаждет найти свою сестру Саманту (сотрудницу корпорации Альерра), которая также участвовала в одной из экспедиций.
Саманта уже знакома всем, кто проходил оригинальную игру, а вот с Робин мы знакомимся по ходу дела. Она является специалистом по инопланетным формам жизни, что несколько упрощает ей задачу выживания в чужом и довольно недружелюбном мире. К поискам сестры сводится вся основная сюжетная линия, однако детальнее мы ее не раскроем во избежание спойлеров.
