Даже если вы не захотите полностью становиться на сторону одной из этой фракций, частично сблизиться придется все равно с одной из них - это буквально неизбежно, так как есть такая сюжетная развилка, где третьего варианта просто не дают. Выбор ощутимо влияет на развитие сюжета, доступные задания, отношение персонажей к Скифу и на сам финал игры.
Если разбирать по фактам:
Варта - это про порядок и контроль: ее идеология - установление строгого порядка в Зоне, контроль над аномалиями и предотвращение их распространения. Фракция активно сотрудничает с государственными структурами, имеет внушительные ресурсы и хорошее вооружения. Ее задания более структурированные и продуманные с точки зрения безопасности. В противовес - ненависть со стороны буквально всех остальных, не только Искры. Вольные сталкеры тоже не слишком жалуют Варту из-за ее методов и подходов.
Искра - это про свободу и исследование: ее идеология - свободное исследование Зоны, стремление к пониманию ее природы и сохранению ее уникальности. Задания более рискованные и нестандартные, напоминают партизанский подход. У фракции меньше ресурсов, зато больше свободы действий. В целом Искра демонстрирует склонность к анархии и независимости.
Теперь о последствиях выбора:
Варта - при поддержке Варты Зона уничтожается, а ее технологии используются для усиления контроля над внешним миром. Главный герой получает свободу и возможность начать новую жизнь, но становится инструментом в руках властей.
Искра - при поддержке Искры Зона превращается в иллюзорную утопию, где сталкеры теряют связь с реальностью, погружаясь в галлюцинации, в то время как сама Зона остается неизменной и опасной.