Сюжет Little Nightmares довольно сложен и основательно запутан, на все вопросы игрока не дается очевидных ответов даже после того, как пройти саму игру и дополнения к ней. Сюжетная линия повествует о девятилетней девочке, которую зовут Шестая. Она каким-то образом оказалась на загадочном подводном судне "Чрево", который ежегодно появляется в одно и то же время в разных местах. Его населяют различные гротескные создания, а также монстры.
Кроме последних, угрозу несут также многочисленные ловушки, разбросанные по всему кораблю, начинать предстоит с нижнего уровня "Чрева", а чтобы покинуть судно, игрок должен провести главную героиню на его самую верхнюю часть к палубам, где находятся гости. При этом экипировка довольно скудная: она ограничивается лишь зажигалкой для освещения темных мест и дождевиком желтого цвета.
