Как и в любой игре, в Fallout 4 существуют стороны, противостоящие друг другу. Всего есть четыре фракции, к которым может присоединиться главный герой: Железная дорога, Минитмены, Институт и Братство Стали. Каждая из этих группировок имеет свое мировоззрение и преследует определенные цели, но всех их (кроме Института) объединяет одно – ненависть к этому самому Институту.
Братство Стали видит будущее только в новых технологиях, с помощью которых можно восстановить порядок в обществе. Железная дорога поддерживает синтов и во что бы то ни стало хочет дать им свободу от Института, не думая о последствиях. Дело в том, что не все освобожденные роботы могут пойти по правильному пути и так далее. О целях Института известно очень мало, но точно можно сказать, что они хотят возродить жизнь с помощью синтетических организмов. А Минитмены вообще дружелюбны ко всем и в основном сфокусированы на постройке поселений.
