Сюжет Subnautica below zero является прямым продолжением истории, начавшейся в оригинальной игре: события дополнения переносят игроков на два года вперед после того, как Райли благополучно смог выжить и эвакуироваться из поверхности планеты 4546B. Теперь же корпорация Альтерра, получив информацию о произошедшем с Райли инциденте, выслала целую научную станцию Веспер, дабы детально изучить эту планету.
По возможности экспедиции желательно восстановить обломки Авроры, провести биомедицинские исследования, провести мониторинг природных ресурсов и сохранить при этом окружающую среду. Кроме того, имеется и еще одна причина отправки станции, однако она засекречена. Экспедиция отправляется на планету со станции, расположившейся на геосинхронной орбите, в ее составе - новый протагонист, Робин Гудолл.
Впоследствии база будет разрушена лавиной, Робин приходится выплывать в открытое море. На связь выходит коллега и информирует, что неподалеку имеется некое инопланетное святилище и просит ее заняться исследованием этого места. Такова завязка сюжета Subnautica below zero, далее же рассказывать не имеет смысла, так как пойдут спойлеры.
