В Wasteland 3 фракции хоть и не слишком многочисленны, зато весьма разнообразны и отличаются друг от друга своими целями и методами их достижения. Суммарно же этих фракций пять: Шерифы Патриарха, Беженцы, Гипперы, Сто семей и Армия Монстров. Кроме того, можно упомянуть еще две фракции, которые можно назвать нейтральными, так как они фактически не оказывают влияние на сюжет - кланы Гипперов и Армия Монстров. У первых пяти же кланов репутация может очень существенно сказываться на ходе игры.
Шерифы Патриарха - декларируют цель поддерживать порядок, по факту же этим оправдывают применение грубой силы, при этом фракция поражена коррупцией насквозь.
Беженцы: противники Патриарха, представляющие собой простых людей, которые устали от тяжелой жизни и обитают на окраине.
Гипперы: фанаты Рональда Рейгана, причем фанатизм этот отнюдь не мешает им возвышать науку, превратив ее в религиозное учение.
Сто Семей: фракция, сотрудничающая с Патриархом, является элитой, сумевшей уцелеть в Пустоши, ставит перед собой целью восстановление Колорадо-Спрингс любой ценой.
Армия Монстров: преступная группировка, к моменту событий игры существенно ослабленная противостояниями с Патриархом.
