Модов на Сталкер есть великое множество, и способы их установки очень разнятся, в зависимости от того, какой именно из них вы надумаете установить.
Есть моды глобальные, есть мелкие. Первые обычно устанавливаются как обычные программы, причем отдельные сборки вообще даже путь установки не спрашивают и находят оригинальные файлы игры самомстоятельно.
Другим же нужно задавать папку, где установлен оригинальный Stalker, чтобы установить. Во время установки заменяются многие файлы, потому лучше создавать резервную их копию. Моды собираются исключительно любителями, потому высоким качеством далеко не все из них могут похвастать. Можете даже потерять работоспособность игры, так что будьте внимательны, вы все условия принимаете на свой страх и риск.
Ну и самым незначительным модам, которые меняют игру лишь частично (например, пересматривают баланс оружия и тому подобные) - там все еще проще. Нужно просто заменить файлом мода оригинальный файл с тем же названием, что легко сделать в проводнике Windows или любом файловом менеджере.
