История Prey довольно интересная и запутанная, при этом еще и достаточно глубокая: восприятие игроком действительности, окружающей главного героя, в начале игры радикально отличается от той, которую он видит и понимает в финале.
Что до сути этой истории, то она рассказывает о событиях, разворачивающихся в параллельной реальности в недалеком будущем. В этой реальности не было Холодной войны между США и СССР, сверхдержавы объединили свои усилия в различных проектах, в том числе в изучении космоса, что быстро дало свои плоды.
На момент событий игры доступно много технологий, недоступных нам сегодня, хоть действие происходит всего-то пятнадцать лет спустя после наших дней. Завязка истории Prey такова: люди нашли инопланетную форму жизни - тифонов, которую взялись изучать на огромной космической станции Талос-1, однако кто кого изучал - тот еще вопрос, поскольку пришельцы очень скоро устроили побег, захватив под контроль всю станцию, а игроку предлагают с этим хоть что-то делать.