Сюжет Deponia Doomsday может здорово озадачить игроков, проходивших предыдущие части этой серии, ведь в финале одной из них главный герой по имени Руфус погибает, а здесь он жив и здравствует. Это объясняется отнюдь не воскрешением и прочим восстанием из мертвых и другими паранормальными явлениями - просто действие Deponia Doomsday разворачивается до классической трилогии, игра является приквелом к последней.
Так вот, по сюжету Deponia Doomsday Руфус занимается сборкой очередного агрегата для побега на Элизиум, который представляет собой роскошный орбитальный модуль для эвакуации с Депонии и последующей колонизации планеты Утопия. Однако воплотить в жизнь намерения ему мешает Макхроникл, путешествующий во времени и тем самым нарушивший цепь событий. Совместными усилиями они стремятся поправить ситуацию, однако она вместо этого лишь усугубляется - такова завязка сюжетной линии игры.
